Durante el año 1977 un grupo de campesinos de dicados a labores de labranza encontró de manera fortuita un espécimen fósil de grandes dimensiones, con ayuda comunitaria descubrieron este gran fósil, un reptil marino de al menos 7 mt de envergadura.
Los restos esqueléticos fosilizados contenidos en las rocas arcillosas, expuestos en la superficie por fenómenos e erosión (procesos naturales de denudación, transporte y depósito de materiales por la influencia de factores como el viento y el agua), fueron descubiertos por un campesino de la localidad de Villa de Leyva en Junio de 1977.
La excavación, preparación y restauración de los restos se efectuaron en el mismo lugar del hallazgo, donde la comunidad del área rural de Monquirá decidió construir una casa-museo para protegerlos y exhibirlos.
Los pobladores de la región no permitieron que esta reliquia fuera trasladada a un museo especializado, de manera que, durante la década de los años 80 se hizo una construcción pequeña para exhibir la colección, que fue completada con la entrega de objetos fósiles durante la década de los años 90 por el señor José Espitia Roberto.
Durante el siglo 21 el Museo el Fósil ha construido en sus alrededores la infraestructura necesaria para llegar a convertirse en un EQUIPAMIENTO CULTURAL, y también ha tomado acciones para su constitución legal, por ejemplo con la realización de su registro e inventario, Misiòn, Visiòn, Objetivos y líneas estratégicas proyecto diseñado y ejecutado el año 2015 y 2016 por Daniel H. Escobar J., antropólogo de la Universidad Nacional de Colombia.
